2015, une Troisième Guerre Mondiale (aussi appelée Grande Guerre Globale) est déclenchée. Plus tard, en 2030, le Monde est ravagé par une terrible Guerre Nucléaire qui rasa la surface de la planète et les survivants de l'holocauste se sont réfugiés dans les profondeurs des Océans. Soul Religion raconte l'histoire de l'équipage du Tartaris, un sous-marin toute dernière génération chargé du maintien de la paix dans l'Atlantique et de ses découvertes sur les événements passés.
Suite à leur arrivée dans une ancienne station sous-marine secrète de la Marine Française, le Commandant Niko fit un discours où il révéla les grandes lignes des découvertes faites par l'ancien Commandant du Dimitrius et son second. Retrouvons l'Etat Major du Tartaris et du Dimitrius dans une réunion secrète.
Après leur fuite, les équipages du Tartaris et du Dimitrius se dirigent vers l'Océan Arctique en passant par la Manche et la Mer du Nord pour des raisons stratégiques. Voyons donc ce qui se passe le lendemain, sur la passerelle de commandement du Tartaris, pour commencer.
Suite à leur évasion de la base centrale, le Major Ryan et le Capitaine Smirnov font des découvertes sur la Base Centrale et sa prison.
Suite aux découvertes faites dans les documents qu'ils ont récupéré à bord du Dimitrius, le Commandant Niko, le Major Ryan et le Capitaine Smirnov ont préparé la mission la plus périlleuse de leurs carrières.
Après avoir échappé aux gardes envoyés pour fouiller le Dimitrius à la recherche du Commandant Niko et ses hommes, ces derniers se retrouvent dans un DSRV en direction du Tartaris.